Alternativa A está correta
a regra é o pagamento com base no lucro real, a exceção é a opção feita pelo contribuinte pelo pagamento do imposto sobre a renda e adicional determinados sobre base de cálculo estimada.

O sistema do IRPJ adota o lucro real como regime geral obrigatório para todas as pessoas jurídicas, salvo as que, atendendo aos requisitos legais, optam pelo lucro presumido. A apuração por estimativa mensal (base de cálculo estimada) é uma opção permitida dentro do regime do lucro real (art. 2º da Lei n. 9.430/1996), sendo a exceção ao ajuste anual. Portanto, a regra é o lucro real, e a base de cálculo estimada é um mecanismo facultativo a ele vinculado.

Por que as outras estão erradas:
B) O arbitramento não é opção do contribuinte — é uma forma de apuração imposta pela autoridade fiscal quando o contribuinte não mantém escrituração regular, não apresenta livros ou documentos, ou quando a escrituração é inidônea. Não é alternativa ao lucro presumido por dificuldade de apuração.
C) A opção pelo lucro presumido não dispensa a escrituração contábil — dispensa apenas a escrituração fiscal do Livro de Apuração do Lucro Real (LALUR). A escrituração contábil continua sendo obrigatória pela legislação societária e comercial.
D) Nem todas as empresas são obrigadas ao lucro real — as que se enquadram nos limites legais podem optar pelo lucro presumido.
E) O lucro arbitrado não é objeto de opção livre do contribuinte — é determinado de ofício pelo fisco em situações específicas previstas em lei.