Alternativa A está correta
apenas as duas primeiras proposições.

I. A proposição I está errada: o art. 97, III, do CTN exige lei para definir o fato gerador da obrigação principal, e o art. 97, III, também exige lei para definir o sujeito passivo. Não é possível estabelecer o sujeito passivo por decreto ou norma complementar.

II. A proposição II está errada: o art. 113, § 2º, do CTN define a obrigação acessória como aquela que tem por objeto as prestações positivas ou negativas previstas no interesse da arrecadação ou da fiscalização dos tributos — e não o pagamento de tributo ou penalidade pecuniária, que é objeto da obrigação principal (art. 113, § 1º).

III. A proposição III está correta: o art. 116, parágrafo único, do CTN autoriza a autoridade administrativa a desconsiderar atos ou negócios jurídicos praticados com a finalidade de dissimular a ocorrência do fato gerador, observados os procedimentos estabelecidos em lei ordinária.

Por que as outras estão erradas:
B) Aponta erro apenas na primeira, mas a segunda também está errada.
C) Aponta erro apenas na segunda, mas a primeira também está errada.
D) Aponta erro apenas na terceira, que na verdade está correta.
E) Afirma que as três estão certas, ignorando os erros nas proposições I e II.