Alternativa A está correta
a entrada ou a saída de veículos procedentes do exterior ou a ele destinados não poderá ocorrer em porto, aeroporto ou ponto de fronteira não alfandegado.

A questão pede a alternativa incorreta. A alternativa A está incorreta porque, apesar de a regra geral exigir o uso de portos, aeroportos e pontos de fronteira alfandegados, o Regulamento Aduaneiro prevê exceções — como a entrada de embarcações em situação de emergência, socorro, ou outras hipóteses previstas em lei. A afirmativa é absoluta ao dizer que não poderá ocorrer em local não alfandegado, mas a legislação admite situações excepcionais. Além disso, a norma aplica-se à entrada e saída de mercadorias, sendo a regra para veículos ligeiramente mais flexível em determinadas circunstâncias previstas no Regulamento Aduaneiro.

Por que as outras estão erradas:
B) Está correta: o agente de carga e o operador portuário são obrigados a prestar informações sobre as operações que executam e as respectivas cargas, conforme o Regulamento Aduaneiro.
C) Está correta: o conhecimento de carga original ou documento equivalente constitui prova de posse ou propriedade da mercadoria, nos termos do Regulamento Aduaneiro.
D) Está correta: o manifesto de carga deve conter todos os elementos descritos — identificação do veículo, local de embarque e destino, número dos conhecimentos, quantidade, espécie, peso dos volumes, natureza das mercadorias, consignatário, data de encerramento e assinatura do responsável.
E) Está correta: em caso de divergência entre manifesto e conhecimento de carga, prevalece o conhecimento de carga, podendo o manifesto ser corrigido de ofício pela autoridade aduaneira.